هناك ثلاث هيئات في وزارة العدل مسئولة عن القضايا المتعلقة بقانون الأحداث : النيابة العامة , والإدارة العامة للحماية القانونية للطفل , وهي تحت السيطرة التامة لوزارة العدل . ومحكمة الأحداث , وهي تخضع لمقدار أقل من الأشراف  . وقد تأسست الإدارة العامة بقرار وزاري في العام 1997 للتعامل مع جوانب القصور في وظائف النيابة العامة ومحاكم الأحداث , ولكنها لم تبدأ بالقيام بكافة وظائفها بعد 0 .

لا يوجد في مصر منصب دائم لوكيل نيابة أو قاضي متخصص في قضايا الأطفال , وفي معظم المحافظات , فإن المسئولين التابعين للنيابة العامة والمحكمة الإبتدائية , يقومون بوظائفهم المعتادة إلى جانب تناول قضايا الأطفال . أمّا محافظة القاهرة فهي الاستثناء البارز , إذ يوجد فيها مكتب نيابة عامة للأحداث ومحكمة للأحداث , ومع ذلك لا يوجد فيهما موظفين دائمين , وعادة ما يعمل فيهما القضاة ووكلاء النيابة لمدة سنة أو سنتين , ومن ثم ينتقلون للعمل في مكاتب أخرى للنيابة العامة , أو في محاكم أخرى . ويُعيَن قضاة المحاكم من صفوف وكلاء النيابة , وهؤلاء بدورهم يأتون , وبصورة متزايدة من ضمن خريجي أكاديمية الشرطة , مما يزيد القلق من إمكان وجود تضارب في المصلحة , في حالات ورود قضايا خاصة بانتهاكات الشرطة , و قد يعيق قدرة القضاة ووكلاء النيابة على أداء مراقبة مستقلة . ولا يوجد حالياً أي إمرأة تعمل كقاضية في محكمة الأحداث .

وفي المحافظات التي يوجد فيها نيابة عامة للأحداث , فإنها تكون قسماً من النيابة العامة . وتشمل النيابة العامة للأحداث وظائف للتحقيق , وأخرى للمقاضاة , وهي مكلّفة بتمثيل مصالح الدولة وجمهور المواطنين . ويقوم النائب العام , وبالتالي وزارة العدل بالإشراف على هذا المكتب . ومن واجبات النيابة العامة للأحداث تلقّي الشكاوى والتحقيق في ادعاءات وجود نشاطات إجرامية , وإقامة دعاوى جزائية حينما يكون المتهمون من الأحداث . وإجراء عمليات تفتيش منتظمة للمؤسسات العقابية , ومقار الاحتجاز الأخرى التي يُحتجز فيها الأطفال . وكما هو الحال مع المحتجزين البالغين , يُفترض من الشرطة أن تُحضر الأطفال المحتجزين للمثول أمام النيابة العامة خلال أربع وعشرين ساعة من إلقاء القبض عليهم , وعندها تقرر النيابة العامة إمّا إطلاق سراح الطفل , أو تأمر بتنفيذ إحدى الإجراءات الإصلاحية المتعددة , أو تُحيل الطفل إلى المحكمة  .

من ناحية التنظيم الهيكلي , فإن محاكم الأحداث هي جزء من المحاكم الإبتدائية المصرية . وقد نصّ قانون الطفل على تأسيس محكمة أحداث أو أكثر في كل محافظة من محافظات مصر السبع وعشرين . وفي الواقع العملي , ليس هناك سوى محكمتي أحداث قائمتين حالياً , واحدة في كل من محافظتي القاهرة والاسكندرية ؛ وفي إحدى وعشرين محافظة أخرى , يقوم قضاة المحكمة الإبتدائية بالنظر في قضايا الأحداث , عند الضرورة ]

تمتلك محاكم الأحداث , مع بعض الاستثناءات الهامة , سلطة النظر في القضايا التي يكون أحد أطرافها أطفال ممن لم يتجاوزوا سن الثماني عشرة , وقت اتهامهم بارتكاب جريمة , أو الأطفال الذين تحيلهم النيابة العامة للأحداث إلى المحكمة بوصفهم متهمين بأنهم "معرضون للانحراف" أو "معرضون للخطر"  . وتتكون المحكمة من هيئة من ثلاثة قضاة , ويعاونهم خبيران من الإخصائيين معيّنان بصورة مشتركة من قبل وزارة العدل , ووزارة التأمينات والشئون الاجتماعية , ويجب أن يكون من بين الخبيرين إمرأة . ويستلزم القانون حضور الخبيرين أثناء مجريات المحاكمة , ولا تتمكّن المحكمة من إصدار حكم , إلاّ بعد أن يقدّم الخبيران تقريراً عن وضع الطفل , وعن أسباب انحرافه ومقترحات لإصلاحه . أما استئناف الأحكام التي تصدرها محكمة الأحداث , فينظر بها هيئة من ثلاثة قضاة من المحكمة الإبتدائية , ويجب أن يكون اثنان من القضاة برتبة رئيس محكمة , ويجب أن تتيح المحكمة الاستئنافية مشاركة الخبيرين الأخصائيين , كما هو الحال في محكمة الأحداث  .

لا يجوز أن يحضر محاكمة الطفل أمام محكمة الأحداث إلاّ أقاربه والشهود والمحامون والأخصائيون الاجتماعيون , ومن تجيز له المحكمة الحضور بإذن خاص  . ويمكن إجراء الجلسات والنطق بالحكم في غياب الطفل , بشرط وجود وليّ أمره أو إذا قام عضو النيابة العامة بدور وليّ الأمر ؛ وللمحكمة أن تأمر بإخراج الطفل من الجلسة بعد سؤاله , كما يمكن لها إخراج أقاربه والشهود والمحامين والأخصائيين الاجتماعيين , خارج الجلسات  . ويجب أن يكون للطفل في مواد الجنايات محام يدافع عنه . فإذا لم يكن قد اختار محامياً , تولّت النيابة العامة أو المحكمة ندبه . ويجوز للمحكمة , وبحسب ما تراه , أن تعيّن محامياً للأطفال الذين تجاوزت أعمارهم خمسة عشر عاماً , في قضايا الجُنح  . ولا يقتضي القانون وجود محام للأطفال المحتجزين بوصفهم "معرضين للانحراف" أو "معرضين للخطر" .

وتتضمّن واجبات محكمة الأحداث أيضاً , مراقبة أوضاع الأطفال الذين تأمر بإيداعهم في مؤسسات متنوعة , والنظر في الطلبات المقدمة من النيابة العامة لوضع أطفال لم يبلغوا سن الخامسة عشرة بالحبس الاحتياطي . ويتم القيام بأعمال الإشراف والمراقبة , من خلال زيارات منتظمة يقوم بها رئيس محكمة الإحداث , أو من يندبه من خبراء المحكمة , إلى دور الملاحظة , ومراكز التدريب المهني , ومؤسسات الرعاية الاجتماعية , ومعاهد التأهيل المهني , والمستشفيات المتخصصة , "وغير ذلك من الجهات التي تتعاون مع محكمة الأحداث , والواقعة في دائرة اختصاصاتها" , ويجب القيام بهذه الزيارات مرّة واحدة على الأقل كل ثلاثة أشهر  .